Las repoblaciones con juveniles de salmón atlántico en el río Bidasoa se realizan a partir de huevos obtenidos de hembras reproductoras que se capturan en el propio río Bidasoa y son trasladadas a la piscifactoría para su desove y fecundación.
Con el fin de optimizar el aprovechamiento de los recursos naturales y minimizar la detracción de hembras al río, se ha implementado un programa de recuperación de aquéllas que cada año son utilizadas en la piscifactoría, en vistas a su reutilización en los desoves de los años siguientes..
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